Ing. Tomáš Henek
Junior Researcher
Protein Engineering
Náš tým zkoumá základní mechanismy a převádí výsledky z laboratoře do klinické praxe — propojení preklinických modelů s klinickou perspektivou.
Výzkumný pracovník ICRC se zaměřením na translační medicínu. Propojuje preklinické poznatky s klinickou praxí napříč programy kardiologie, neurologie a onkologie.
Aktuálně vede / přispívá do interdisciplinárních projektů spojujících molekulární biologii, zobrazování a péči o pacienty ve Fakultní nemocnici u sv. Anny v Brně.
Výzkumná skupina
- Velikost týmu
- Velikost týmu: 49 výzkumníků
- Místo
- Místo: Building B1, 4th Floor
- Spolupracuje s
- Spolupracuje s Czech Academy of Sciences
Vedoucí výzkumné skupiny
- prof. Dr. Mgr. Jiří Damborský
Členové
Ing. Pavel Kohout
Junior Researcher
Mgr. Hana Faldynová
Ph.D. Student
Mgr. Daniel Pluskal
Ph.D. Student
Naina Verma, MSc
Ph.D. Student
Faraneh Haddadi, MSc
Ph.D. Student
Mgr. Martin Havlásek
Ph.D. Student
Mgr. Martin Sitte
Ph.D. Student
Mgr. Kateřina Hrůzová
Ph.D. Student
Mgr. Bc. Milada Sára Poledňáková
Research Assistant
Mgr. Aneta Horáčková
Research Assistant
Mgr. Pavel Vaňáček, Ph.D.
Postdoctoral Researcher
Mgr. Josef Kučera, Ph.D.
Postdoctoral Researcher
Mgr. Šárka Nevolová, Ph.D.
Facility Specialist, Research Coordinator
prof. Dr. Mgr. Jiří Damborský
Principal Investigator, Senior Research Team Leader
prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D.
Principal Investigator, Head Researcher, Senior IT Specialist
prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D.
Senior Postdoctoral Researcher, Head Researcher
Sérgio Manuel Marques, Ph.D.
IT Specialist, Head Researcher
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D.
IT Specialist
Ing. Petr Kabourek
IT Specialist, Senior Application Developer
Bc. David Damborský
IT Specialist
Mgr. Karen Pailozian
IT Specialist
Mgr. Martina Damborská
Research Coordinator
Ing. Miloš Musil, Ph.D.
Application Developer, Senior IT Specialist
Mgr. Michal Vašina, Ph.D.
Application Developer
Saltuk Mustafa Eyrilmez, Ph.D.
Application Developer
Ing. Dávid Lacko
Application Developer
Ing. Monika Rosinská
Application Developer
Mgr. Bc. Alan Strunga
Application Developer
Mgr. Jana Horáčková
Application Developer
Tim Titus Hendrikus De Martines, MSc
Application Developer
Joan Planas Iglesias, Ph.D.
Senior Application Developer
Irena Halíková
Lab Technician
MUDr. Jan Česnek
Lab Technician
Mgr. Zuzana Mihal Juríková
Lab Technician
Mgr. Aliaksandra Kursit
Lab Technician
RNDr. Ing. Martin Marek, Ph.D., MBA
Head Researcher
Stanislav Mazurenko, Ph.D.
Head Researcher, Senior IT Specialist
RNDr. Lenka Šindlerová, Ph.D.
Senior Research Specialist
Mgr. Eva Hrubá, Ph.D.
Lab Specialist
Mgr. Aneta Kohutová, Ph.D.
Lab Specialist
Mgr. Karolina Sedláčková
Lab Specialist
Ing. Michaela Matlohová
Lab Specialist
Mgr. Zuzana Prášilová
Lab Specialist
Mgr. Nikola Neumeisterová
Lab Specialist
Mgr. Ajay Modi
Lab Specialist
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Senior IT Specialist
Mgr. David Kovář, Ph.D.
Senior IT Specialist
Ing. Marie Šulová
Research Technician Specialist
Asistent týmu
Mgr. Martina Damborská
Administrativní podpora
Hlavní cíle
- Počítačový design a inženýrství hyperstabilních proteinů
- Zavádění nových teoretických konceptů pro proteinové inženýrství
- Vývoj snadno ovladatelných softwarových nástrojů a mikrofluidních čipů
Zaměření výzkumu
Výzkumná skupina se zaměřuje na proteinové a metabolické inženýrství pro biomedicínu. Věnuje se vývoji nových teoretických konceptů, softwarových nástrojů a lab-on-chip technologií pro proteinové inženýrství. Tyto nově vyvinuté nástroje pro design proteinů s vylepšenými vlastnostmi jsou využívány k biokatalýze, biodegradaci, biosensingu či pěstování a diferenciaci buněk. Na základě své práce publikovala skupina již více než 200 původních článků a 20 knižních kapitol, získala 7 mezinárodních patentů a založila biotechnologickou spin-off firmu Enantis s.r.o.
Bioinformatika – identifikace zajímavých genů v genomických databázích k molekulárnímu klonování a experimentální charakterizaci
Lab-on-chip technologie – vývoj mikrofluidních lab-on-chip technologií pro výzkum v biochemii a biomedicíně
Inženýrství degradačních drah – návrh a konstrukce bakteriálních kmenů, které exprimují nově sestavené biochemické dráhy
Stabilizace proteinů – počítačový design stabilizačních mutací
Mezinárodní spolupráce: ETH Zurich, Švýcarsko; Tohoku University, Katahira, Japonsko; University of Cambridge, Cambridge, Velká Británie; Novo Nordisk Foundation Center for Biosustainability (CFB), Copenhagen, Dánsko; Spanish National Research Council (CSIC), Madrid, Španělsko
Technologické vybavení
- Výpočetní klastr
- Cirkulární dichroismus
- Robot na sběr kolonií
- Hardware a software pro počítačové modelování
- Mikrofluidika
- Pipetovací robot
- Rapid quench flow systém
- Stopped flow kinetický systém
Vybrané výsledky
- Stabilizace růstových faktorů pro výzkum kmenových buněk
- Patentovaná technologie pro stabilizaci proteinů
- Software CAVER, CAVER WEB, CAVERDOCK, CALFITTER, HOTSPOT WIZARD a PREDICTSNP pro design proteinů a predikci vlivu mutací na lidské zdraví
- TOUL, M., NIKITIN, D., MAREK, M., DAMBORSKY, J., PROKOP, Z. Extended mechanism of the plasminogen activator staphylokinase revealed by global kinetic analysis: 1000-fold higher catalytic activity than that of clinically used alteplase. 2022. ACS Catalysis 12: 3807-3814.
- ŠTOURAČ, J., VÁVRA, O., KOKKONEN, P., FILIPOVIČ, J., PINTO, G., BREZOVSKÝ, J., DAMBORSKÝ, J., BEDNÁŘ, D. Caver Web 1.0: Identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. 2019. Nucleic Acid Research: gkz378.
- KOKKONEN, P., SÝKORA, J., PROKOP, Z., GHOSE, A., BEDNÁŘ, D., AMARO, M., BEERENS, K., BIDMANOVÁ, S., SLÁNSKÁ, M., BREZOVSKÝ, J., DAMBORSKÝ, J., HOF, M. Molecular gating of an engineered enzyme captured in real time. 2018. Journal of the American Chemical Society 140: 17999–18008.
- MUSIL, M., ŠTOURAČ, J., BENDL, J., BREZOVSKÝ, J., PROKOP, Z., ZENDULKA, J., MARTÍNEK, T., BEDNÁŘ, D., DAMBORSKÝ, J. FireProt: Web server for automated design of thermostable proteins. 2017. Nucleic Acids Research 45: W393-W399.
- LIŠKOVÁ, V., ŠTĚPÁNKOVÁ, V., BEDNÁŘ, D., BREZOVSKÝ, J., PROKOP, Z., CHALOUPKOVÁ, R., DAMBORSKÝ, J. Different structural origins of the enantioselectivity of haloalkane dehalogenases toward linear β-haloalkanes: Open–solvated versus occluded–desolvated active sites. 2017. Angewandte Chemie International Edition 56: 4719-4723.
- BENDL, J., ŠTOURAČ, J., ŠEBESTOVÁ, E., VÁVRA, O., MUSIL, M., BREZOVSKÝ, J., DAMBORSKÝ, J. HotSpot Wizard 2.0: automated design of site-specific mutations and smart libraries in protein engineering. Nucleic Acids Research 2016, 44(W1): W479-487.
- SÝKORA, J., BREZOVSKÝ, J., KOUDELÁKOVÁ, T., LAHODA, M., FORTOVÁ, A., CHERNOVETS, T., CHALOUPKOVÁ, R., ŠTĚPÁNKOVÁ, V., PROKOP, Z., KUTÁ SMATANOVÁ, I., HOF, M., DAMBORSKÝ, J. Dynamics and hydration explain failed functional transformation in dehalogenase design. Nature Chemical Biology. 2014, 10(6), 428–430.
